Naruto Uzumaki wordt toegewezen aan een missie om Mukade, een vermiste nin, te vangen en vertrekt naar de eens zo glorieuze historische ruïnes van 'Ouran', waar hij de rouge ninja achtervolgt en in het nauw drijft. Het doel van Mukade blijkt een slapende leylijn binnen de ruïnes te zijn; hij ontketent de kracht van de leylijn, waardoor een licht Naruto omhult en hem naar het verleden stuurt, 20 jaar voordat de serie begon. Wanneer Naruto wakker wordt, komt hij in contact met de Vierde Hokage, Minato Namikaze.